自年5月黄埔军校建成，到年黄埔军校奉命改为“中央军事政治学校”期间，军校的机构组织和人员系统已发生了很多变化。黄埔军校一直由孙中山任校总理，廖仲恺任校党代表（廖仲恺遇刺后，由汪精卫继任），蒋介石任校长。在校本部主要的人员有：
教练部主任李济深，副主任邓演达（实际上是邓演达负责，后由何应钦主持）；
教授部主任王柏龄，副主任叶剑英；
入伍生总队长邓演达、张治中；
军需部主任周骏彦，副主任俞飞鹏；
管理部主任林振雄；
教育长初为胡谦，后为邓演达、方鼎英等；
政治部主任先有戴季陶、邵元冲，后为周恩来、邵力子与熊雄；
政治教育官主要以共产党员为主，主要有恽代英、萧楚女、聂荣臻（兼任政治部秘书）、高语罕、张秋人、于树德等。
军事教官主要有何应钦、刘峙、顾祝同、钱大钧、胡树森、徐培根、张元祜、沈应时等。
他们大多为蒋介石浙江的同乡或在保定军校时的同学。
黄埔军校开学后，效仿苏联实行政治与军事并重、理论和实践结合的教育方针，设立政治部，在校党代表的直接领导下，负责全校的政治教育和政治工作，而政治教育也就成为黄埔军校区别于旧制军事学校的一项重要标志。然而政治部主任在黄埔军校的历史中是变化最多的，也是争议最大的。
黄埔军校第一任政治部主任是国民党中央宣传部部长戴季陶。
戴季陶，年出生于四川省广汉县。他早年毕业于日本大学法科，后追随孙中山加入同盟会，参加了辛亥革命。辛亥革命胜利后，他创办了《民权报》并担任孙中山的秘书。年，戴季陶与蒋介石、陈果夫在上海设立证券物品交易所，从事投机生意。戴季陶与蒋介石由此而结为密友。
戴季陶执掌黄埔军校政治部，蒋介石开始十分放心。对于孙中山的联俄、联共政策，戴季陶同蒋介石一样，是十分不赞成的，而且当时国民党与共产党之间、国民党左派与右派之间的矛盾日益显露。戴季陶以为，之所以产生这些矛盾，是由于国民党中“共产非共产”，“两种中心之不能容”。因此，他一方面力劝加入国民党的共产党员放弃共产党党籍，另一方面又劝说胡汉民等国民党右派与共产党尽力协作。劝来劝去，毫无结果。
由这样一个毫不实际的人来当政治部主任，黄埔军校的政治教育和政治工作便可想而知了。戴季陶一到黄埔军校，便向学生们大肆鼓吹自己所谓“纯正的三民主义”。然而他所宣扬的理论，不仅严重歪曲了孙中山的三民主义，而且对于思想激进的黄埔军校青年学生来说，陈腐说教必然引起大家的不满。戴季陶在学校发表的这种又臭又长的演说，经常引起学生们的哄笑。孙中山对他在黄埔军校的工作也很不满意。
就这样仅当了半个月的黄埔第一任政治部主任戴季陶，便自动离职悄悄跑到上海去了。戴季陶离职后，有好几个月政治部没主任。后来由副主任邵元冲代理政治部主任。邵元冲是位前清举人，封建思想浓厚，根本不懂革命的政治思想工作。他把政治部主任当官来做，既不接近学生，也不联系干部，与党代表廖仲恺很少打交道，同苏联顾问则根本不来往。他只是每隔几天从广州到黄埔军校来一趟，看一看例行的文件，偶尔对学生发表演讲，也因口才极差、内容无聊而使人昏昏欲睡，被学生们戏谑为“催眠术教官”。时间越长学生们对他的意见越大，闹出的尴尬事就更多。
一日清晨，天刚蒙蒙亮，黄埔岛公路便传来了跑步口令声。只要不是雨天，15华里的晨跑，是黄埔学生的必定课目。跑着跑着，一些体弱者就开始掉队了，有的站在路旁大口喘气。
忽然，从队列前走出了当“排头兵”的教练部副主任邓演达，他喊道：“停止跑步，便步走！”邓演达一声口令，队伍慢下来。他对在队伍一侧的值星官说：“跑步要兼顾学生的体力，逐步增加跑程，不可蛮干，更应照顾体弱多病的……”
邓演达是个有思想的人，此后的北伐中，担任过国民革命军政治部主任。后因不同意蒋介石的反动主张，成立中国国民党临时行动委员（第三党）会，负责人秘密策动反蒋，年11月被蒋介石杀害，新中国成立后，被追认为烈士。
邓演达跑完步往办公室走，迎面遇到学员贺衷寒。贺衷寒一侧身溜了过去。这个人是学生中的右派，内心里不同意孙中山的“联俄、联共”政策，后被蒋介石拉拢，成为其亲信，担任国民党政训系统的头子，“复兴社”书记，中将军衔。是蒋介石的“十三太保”之一。
邓演达看到他，厉声喝令：“站住！你是不是本校的学生？”
贺衷寒答道：“是的。”
邓演达又问；“你既然是本校的学生，为何不按陆军礼节向长官举手敬礼？”
贺衷寒脸刷地红到耳根，但马上斜视一侧，大声说：“你是信仰三民主义的，我是信仰无政府主义的，各人的信仰不同，当然不敬礼。”
邓演达没料想这个学生如此无礼，大声喝问道：“政治部主任是这样教导你的吗？”
“我信仰戴主任的主义，可你们为什么赶走他？新来的邵主任对我们不闻不问，他根本没教我什么！他是个催眠术教官！”
邓演达气得一时语塞，挥挥手说：“你走吧。”他满腹心事来到校长办公厅。正巧校党代表廖仲恺也在，他反映道：“有些学生骄横自恃，目空一切。邵元冲主任究竟对学生尽了什么责任？”
听了邓演达说起对邵元冲的意见。廖仲恺点头附和：“他连我也不打招呼，与苏俄顾问更是没有来往。”
坐在一边的蒋介石叹息着：邵元冲就职一个月，学生意见一大堆。他虽是国民党中央宣传部副部长，却是一个封建思想很浓的官僚，他根本不懂政治工作，他住在广州，每隔两三天到政治部来一趟，看看例行的文件就走。把政治部变成了一个死气沉沉毫无作用的机构。按照现实情况，应该撤换他。可让谁来接任呢？
廖仲恺也觉得政治部主任要换人，他沉思片刻提议：“介石，我看不如你再兼一职。”
蒋介石把手一摊：“不行。一个军人如果什么都管，就难免造成军人政治。”实际上他不知道政治部主任怎么当，另外，他也嫌政治工作麻烦，不如打打杀杀来得痛快。
廖仲恺看看窗外说：“党部的人我都一一教过，保定系、日本陆军系毕业的多是搞军事的，以军事教程去领导政治难免失之偏颇。请一名共产党人怎么样？”
蒋介石说：“可以，我再同加伦将军商讨一下。听说张申府推荐的周恩来在教政治经济学，在学生中很有威信，请他试试看。”
廖仲恺听他这样说，也表示赞成：“我也听说这个人能力很强。”
此后，中共方面的周恩来继任政治部主任。他到任后便很快显示出了非凡的才华。雷厉风行的周恩来一到政治部就恢复了正常工作秩序和工作制度，并设立了指导、编纂、秘书三股，从黄埔一期毕业生中选调共产党员杨其纲、王逸常等人分别担任各股的主任职务，并明确了各股的具体任务、工作细则。周恩来还鼓励学生中建立进步组织，出版油印了《士兵之友》。
第一期学生中共产党员蒋先云、许继慎等被周恩来选派到各连担任国民党的党代表，在对学生进行政治教育的同时，又担负起对教导团士兵进行政治训练的任务。
同时，为了方便学生质疑问题，在廖仲恺的帮助下，政治部设置政治问答箱，收集学生们的疑难问题。由政治教官恽代英、萧楚女、张秋人等作书面解答。后来汇编为长达10余万言的《政治问答集》，成为有针对性的、生动活泼的教材。为了了解学生政治认识和思想状况，政治部还定期发出政治调查表或测验题，要学生在课堂填表、解答。
除安排计划之外，周恩来把他大部分的时间和精力都投入到找人谈话和抓工作落实上。在思想诱导和教育的过程中，周恩来突出进行了“为什么要革命？如何处理军民关系”等教育。指出革命就是为了打倒帝国主义、军阀和贪官污吏；军民之间应该互相尊重爱护，军人要救国为民，严守纪律。他每周还要组织对学生的一两次演讲，定期进行政治讨论和政治问答。
黄埔军校的学生很快都对他产生了好感。周恩来才26岁，比有些学员还年轻。体格并不强壮，身材也不高大，尽管毛茸茸的胡碴儿已经发硬，外表上仍有股孩子气，但他头脑冷静，谈吐安详，尤其善于分析推理。他分析国际国内形势时，讲得透彻精辟，增强了大家对革命前途的信心。凡是他作报告，整个大厅就挤得水泄不通。他思维缜密，办事周到细致，反应敏锐，原则性和灵活性都很强。他上任的时间不长，但在他的带领下，黄埔军校上下精神面貌很快焕然一新。学生情绪高涨、精神饱满，校园充满生气。
